El Bayern se marcó un gol en los últimos instantes y empató a última hora en Dortmund, poniendo fin a su racha de siete partidos ganados en todas las competiciones sin encajar un gol.
Pero Alonso, del Leverkusen, espera un Bayern diferente para enfrentarse a ellos en Múnich.
"Para mí es un partido diferente. En primer lugar, es Múnich", dijo Alonso en una rueda de prensa en Leverkusen el lunes.
"Vi el partido (contra el Dortmund), pero esperamos un partido muy duro en su casa".
El Bayern, con su nuevo entrenador Vincent Kompany, parece haber recuperado su dominio y lidera la Bundesliga con cuatro puntos de ventaja. También ha vuelto a la Liga de Campeones tras un comienzo difícil.
El Leverkusen, que la temporada pasada ganó la liga y la copa sin conocer la derrota, es tercero de la Bundesliga, a siete puntos del Bayern.
"Pero la Copa es un partido y puede pasar cualquier cosa", dijo Alonso.
"Mañana es como una final para nosotros. No hay partido más difícil que un partido en el Allianz Arena", afirmó.
"Si el Bayern juega en el Allianz Arena en la Bundesliga, la Liga de Campeones o la Copa, suele ser siempre favorito. Es el mayor desafío. Casi una final", añadió el español.
El Leverkusen sigue sin poder contar con su delantero clave, Victor Boniface, y el Bayern no tiene a su máximo goleador, el Harry Kane.
Pero Alonso dijo que estaba contento de tener al delantero Patrik Schick en forma. El checo marcó el gol de la victoria contra el Union Berlin el sábado después de su hat trick contra el Heidenheim una semana antes.
Schick también había marcado a mediados de semana en la goleada por 5-0 al Salzburgo en la Liga de Campeones: "Patrik está en un momento cumbre", dijo Alonso.
"No sólo está marcando, sino que está haciendo muchas otras cosas bien, también contra el Union Berlín en un partido intenso contra una defensa dura. Me alegro de que tenga estas buenas sensaciones".