Después, estuvo tres temporadas más en el Barça, a las órdenes de Louis van Gaal, con el que fue el encargado de hacer informes de los rivales y, tras la salida de Ronald Koeman, segundo entrenador.
Después de pasar por Benfica, Leiria, Oporto, Chelsea e Inter, conquistando la Champions con los dragones en la 2003-2004 y con los nerazzurri en el Bernabéu en la 2009-2010, tras eliminar al Barça en semifinales el día de los aspersores, regresó a España.
Y lo hizo para recalar en el Real Madrid, donde se convirtió en el enemigo público número uno del barcelonismo.
En las tres temporadas que estuvo al frente del banquillo blanco se produjeron los rallys de Clásicos. Un total de 17 duelos entre Real Madrid y Barcelona, en los que el portugués salió victorioso en cinco de ellos, empató seis y perdió otros seis.
José se estrenó en los Clásicos en el Camp Nou en Liga con una contundente derrota por 5-0 ante el Barça en la temporada 2010-2011. En el Bernabéu el partido acabó en empate (1-1) y la final de Copa de Valencia sirvió como revancha después de que Marcelo pusiera un balón al área que Cristiano Ronaldo cabeceó de manera magistral a la red para hacer el 0-1 y dar el título al Madrid,
Sin embargo, aún habría espacio para dos duelos más, en semifinales de Champions. Los blancos perdieron 0-2 en la ida en el Bernabéu con una polémica expulsión de Pepe y el 1-1 de la vuelta daba a los culés el pase a la final.
“Calma, calma” de Cristiano
La temporada 2011-2012 fue la de LaLiga de los récords del Madrid de Mourinho. La temporada, no obstante no empezó bien para los blancos. En la Supercopa de España, que por entonces se disputaba a ida y vuelta, 2-2 en Chamartín y 3-2 para el Barça en la vuelta, con el célebre episodio del dedo en el ojo de Mourinho a Tito Vilanova en la memoria.
En Liga, el Barcelona ganó en la ida por 1-3, pero el Madrid dio el golpe definitivo al campeonato en la Ciudad Condal con un brillante 1-2, que pasará a la historia por la celebración de Cristiano Ronaldo pidiendo calma.
Ambos equipos también se enfrentaron en cuartos de final de la Copa. Pasó el Barça, 1-2 en el Bernabéu y 2-2 en el Camp Nou.
La última temporada del portugués en Chamartín empezó con victoria en la Supercopa de España. El Barcelona ganó 3-2 la ida, pero el Madrid se impuso 2-1 en la vuelta. En Liga, 2-2 en el Camp Nou y victoria blanca (2-1) en el Bernabéu, aunque el campeonato se lo llevaron los culés. También se enfrentaron en la Copa del Rey, en semifinales. 1-1 en Madrid y un claro 1-3 en Barcelona, que llevó a los blancos a la final, que la perdieron en el Bernabéu ante el Atleti.
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