Un zurdazo de Anders Dreyer en el minuto 72 dio el triunfo a los californianos ante su público del Snapdragon Stadium.
El San Diego volverá a ser local el sábado en la final del Oeste gracias a su primera posición en la fase regular, en la mejor campaña de una franquicia debutante.
Su rival será el Vancouver Whitecaps, liderado el alemán Thomas Müller, segundo cabeza de seriee del sector.
Por el Este se medirán el Inter Miami de Lionel Messi y el New York City F.C., también el sábado.
Los vencedores de estos duelos protagonizarán la final a partido único de la MLS el 6 de diciembre.
Al igual que en la primera ronda de los playoffs, el técnico Mikey Varas dejó al Chucky Lozano de inicio en el banquillo.
Dreyer, decisivo para el San Diego
El ex del Nápoles estaba llamado a ser el jugador franquicia de San Diego, pero, en medio de roces con el propio Varas, ha acabado cediendo el protagonismo del equipo a Dreyer.
El exmediapunta del Anderlecht, ganador del premio a la Contratación del Año en la MLS, volvió a ser decisivo este lunes al desatascar un duelo tenso e igualado ante Minnesota.
Tras resguardarse en su campo en la primera mitad, los visitantes asustaron a San Diego con varias llegadas de peligro, especialmente un disparo de Robin Lod que superó al mexicano Pablo Sisniega, pero fue rechazado en línea de gol por el defensa Ian Pilcher.
Los anfitriones resistieron el acoso y encontró su premio en una internada hasta el área de Corey Baird que, evitando que el balón saliera por la línea de meta, dio un taconazo hacia atrás para la llegada de Anders, que engatilló un disparo a la red.
Lozano ingresó al terreno de juego en el minuto 78 y contribuyó a defender un resultado que coloca al San Diego a sólo dos pasos del título en su temporada de debut.