El jugador de 23 años no viajó a Craven Cottage por un problema en la espinilla que sufrió en la derrota de la semana pasada en la Copa de la Liga ante Brighton.
Se perderá dos partidos contra Escocia y los encuentros ante Macedonia del Norte y Suiza.
"El Manchester United puede confirmar que Benjamin Sesko ha abandonado la convocatoria de Eslovenia antes del próximo parón internacional de tres semanas," informó el club en un comunicado este lunes.
"Benjamin se someterá a pruebas esta semana antes de definir su plan individual de recuperación".
Sesko, que ha marcado dos goles con el United en la temporada, se convirtió en el cuarto jugador del club en abandonar la concentración de su selección este lunes.
Marcus Rashford y Kobbie Mainoo también están fuera de la convocatoria de Inglaterra, mientras que Karl Darlow se retiró de la concentración de Gales.
El United de Michael Carrick ocupa una discreta 12ª posición en la tabla de la Premier League tras sumar solo cinco puntos en sus primeros cinco partidos.
Su próximo partido será en casa ante el colista Tottenham el 10 de octubre. El United se medirá al Atlético de Madrid en la próxima jornada de la Champions League.