El técnico, de 62 años, fue acusado por el Galatasaray de hacer comentarios racistas tras el empate 0-0 entre ambos equipos en la Superliga la semana pasada, tras el cual dijo que el banquillo del equipo local había estado "saltando como monos".
"Ellos (el Galatasaray) no fueron inteligentes en la forma en que me atacaron, porque no conocían mi pasado", dijo Mourinho, ex entrenador del Oporto, Chelsea, Inter de Milán, Real Madrid y Manchester United, a Sky Sports en una entrevista.
"No conocían mis conexiones con África, con gente africana, con jugadores africanos y con organizaciones benéficas africanas.
"Así que, en lugar de ir contra mí, creo que se volvió contra ellos".
El Fenerbahçe dijo que los comentarios de Mourinho habían sido sacados de contexto y que demandaba al Galatasaray por 1.907.000 liras turcas (52.366,37 dólares) debido al "ataque a los derechos personales" de su entrenador portugués.
"Todo el mundo sabe quién soy como persona. Todo el mundo conoce mis malas cualidades, pero ésa no es una de mis malas cualidades. Todo lo contrario", añadió Mourinho.
"Lo más importante es que yo sé quién soy, y el ataque acusando de racismo fue una mala elección".
El ex delantero de Costa de Marfil Didier Drogba y el ex centrocampista de Ghana Michael Essien, que jugaron a las órdenes de Mourinho en el Chelsea, salieron en defensa del portugués.
"He visto los recientes comentarios sobre José Mourinho. Créanme cuando les digo que conozco a José desde hace 25 años y que no es racista, y la historia (pasada y reciente) está ahí para demostrarlo", declaró Drogba, que también jugó en el Galatasaray.
"¿Cómo puede ser racista mi "papá"? Vamos, chicos".
Mourinho también dijo que el derbi con el Galatasaray habría sido un "desastre" si un árbitro turco hubiera estado a cargo en lugar del esloveno Slavko Vincic, que fue designado a petición de ambos clubes.
La Federación Turca de Fútbol prohibió a Mourinho jugar cuatro partidos y le impuso una multa de 1.617.000 liras turcas por lo que consideró "declaraciones despectivas y ofensivas hacia los árbitros turcos" y acusaciones de caos y desorden en el fútbol turco.
La sanción y la multa se redujeron posteriormente a dos partidos y 558.500 liras turcas después de que el Fenerbahçe recurriera.